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环状RNA测序

环状RNA测序是新兴的转录组测序技术。过去普遍认为细胞内的非编码RNA多以线型存在,近年来越来越多的研究发现,环状RNA在哺乳动物细胞内的表达量远高于普遍认识水平。环状RNA可以参与基因的表达调控,例如封闭miRNA的作用、调节本位基因的表达等,是长链非编码RNA研究中的一个新的研究热点。

分析流程

 

生物信息学分析:



ciRNA(ciRS-7) 与肿瘤抑制基因竞争miRNA而调控癌症发生

图片来源
Peng L, Yuan XQ, Li GC. The emerging landscape of circular RNA ciRS-7 in cancer Oncol Rep. 2015 Jun;33(6):2669-74.

样品要求
样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品;
样品的量:细胞样品请提供至少1×
107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供2 μg以上的总RNA;
样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥ 7;
样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存,RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融;
样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。



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