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lncRNA测序

长链非编码RNA(long noncoding RNA, lncRNA)是指长度在200~100000 nt之间不具有蛋白编码功能的RNA分子。它们存在带polyA尾和不带polyA尾两种形式,具有跨物种的低保守性,组织特异性表达和丰度低等特点。lncRNA的种类远远超过编码RNA,保守估计哺乳动物基因组序列中4%~9%的序列产生lncRNA转录本,而相应的蛋白编码RNA的比例仅是1%~5%。目前研究提示lncRNA的功能机制主要包括参与转录调控、转录后调控、蛋白质运输和mRNA降解。lncRNA已经成为非编码RNA研究领域的一个热点,借助高通量测序,研究人员能够快速获得与疾病或者特定生物学过程相关的lncRNA并进行深入研究。

技术优势
和芯片相比,不依赖已知数据库,可预测未知的长链非编码RNA并定量其表达。

分析流程

生物信息学分析:



LncRNA统计


LncRNA GO富集分析和KEGG pathway富集分析


数据来源
Soreq L, Guffanti A, Salomonis N, Simchovitz A, Israel Z, Bergman H, Soreq H. Long non-coding RNA and alternative splicing modulations in Parkinson's leukocytes identified by RNA sequencing. PLoS Comput Biol. 2014 Mar 20;10(3):e1003517
Wei Yang, Yuan Li, Fawei He, and Haixiang Wu. Microarray profiling of long non-coding RNA (lncRNA) associated with hypertrophic cardiomyopathy corresponding author. BMC Cardiovasc Disord. 2015; 15: 62.


样品要求
样品类型:细胞、新鲜组织或RNA样品;
样品的量:细胞样品请提供至少1×
107个细胞,组织样品请提供至少300mg的组织块或切片,RNA样品请提供2 μg以上的总RNA;
样品质量:RNA无明显降解,提取的总RNA OD260/280值在1.8~2.2之间,浓度≥ 500 ng/μl,28S:18S ≥ 1.5,RIN ≥ 7;
样品保存:细胞样品或新鲜组织块(切成~50mg的小块)可用TRIZOL或RNA保护剂处理或液氮冻存后,-80℃保存,RNA样品可溶于乙醇或RNA-free的超纯水中,-80℃保存。样品保存期间避免反复冻融;
样品运输:样品置于1.5 ml管中,封口膜封好,干冰运输。



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